PolarProtDb

Gene name

SLC12A2 (Nkcc1)

Experiment(s)

For this entry:

For ortholog entries:

Alignment and sequence features

Wheel: zoom in/out; drag: scroll left/right. Sequences and features are drawn in three lines. Bottom line: topology (red bar: cytoplasmic region; yellow bar: transmembrane region; transmembrane re-entrant loop; blue bar: extracellular region; black bar: signal peptide). Middle line: amino acid sequence (grey bar or one letter code). Top line: post translational modifications (Y: N-glycosylation site; Y: O-glycosylation site;P: phosphorylation site), intrinsically disordered regions (light green bar: IDR) and short linear motifs (light steel blue bar: ELM region).

CCTOP topology prediction

Start	End	Localisation
1	290	Cytoplasmic
291	312	Membrane
313	314	Extracellular
315	342	Membrane
343	365	Cytoplasmic
366	387	Membrane
388	408	Extracellular
409	428	Membrane
429	435	Cytoplasmic
436	455	Membrane
456	485	Extracellular
486	507	Membrane
508	523	Cytoplasmic
524	545	Membrane
546	601	Extracellular
602	623	Membrane
624	653	Cytoplasmic
654	675	Membrane
676	677	Extracellular
678	699	Membrane
700	715	Cytoplasmic
716	743	Membrane
744	1212	Extracellular

Phosphorylation

Position	Resource
23	41453341
75	27455024
77	3192079
79	3192082
87	41338405
123	56655546
132	27455020
203	467235
207	467236
208	6154516
212	455545
217	455546
227	458542
230	459123
242	18912156
265	469234
266	469235
268	7320721
275	458543
276	10154277
353	55373411
836	50784956
842	50784960
855	34359130
940	481812
944	4708897
947	31861901
953	23254792
956	12000505
957	34551063
984	23254796
994	3192085
1012	15721585
1074	27455028
1211	473332
1212	23254800

Glycosylation

Position	Site resource	Glycan resource	PubMed link(s)
553	PolarProtDb	$WURCS=2.0/3,20,19/[axxxxm-1x_1-5][axxxxh-1x_1-5_2*NCC/3=O][axxxxh-1x_1-5]/1-1-1-1-1-2-2-2-2-2-2-3-3-3-3-3-3-3-3-3/a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?$	29741879
553	Glyconnect	$WURCS=2.0/4,12,11/[Aad21122h-2x_2-6_5NCC/3=O][axxxxm-1x_1-5][axxxxh-1x_1-5_2NCC/3=O][axxxxh-1x_1-5]/1-1-2-3-3-3-3-3-3-4-4-4/a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?$	29741879
553	Glyconnect	$WURCS=2.0/3,20,19/[uxxxxm][uxxxxh_2*NCC/3=O][uxxxxh]/1-1-1-1-1-2-2-2-2-2-2-3-3-3-3-3-3-3-3-3/a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?\|n?\|o?\|p?\|q?\|r?\|s?\|t?$
553	Glyconnect	$WURCS=2.0/2,13,12/[axxxxh-1x_1-5_2*NCC/3=O][axxxxh-1x_1-5]/1-1-1-1-1-1-1-1-2-2-2-2-2/a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?_a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?}-{a?\|b?\|c?\|d?\|e?\|f?\|g?\|h?\|i?\|j?\|k?\|l?\|m?$	29741879
553	N-GlycoSiteAtlas		24190977
553	PolarProtDb		31844046
553	UniPep
562	N-GlycoSiteAtlas		26571101
562	PolarProtDb		31844046
562	UniPep

Family and domain data

Database	Domain/Family name
InterPro	AA-permease/SLC12A_dom
InterPro	AA_permease_N
InterPro	NKCC1
InterPro	SLC12_C
InterPro	SLC12A1/SLC12A2
InterPro	SLC12A_fam
Pfam	AA_permease
Pfam	AA_permease_N
Pfam	SLC12

Interactions

With (links to EBI)	#Exp	PubMed links
TM216_HUMAN	2	26638075
TGON2_HUMAN	3	29568061
CALX_HUMAN	3	29568061
LRRK2_HUMAN	2	31046837
TMM17_HUMAN	2	26638075
TECT3_HUMAN	2	26638075
LAMP1_HUMAN	3	29568061
ESR1_HUMAN	2	31527615

Protein can be found in apical membrane, Protein can be found in basal membrane, Protein can be found both membranes, Localisation is unknown.